隨著機房的不斷發展，機房建設的一些問題也逐漸顯露出來。

　　(1)機房建設概念上存在各種問題

　　有人將機房建設歸結為機房裝修工程，認為機房建設就是裝修工程;也有人將機房建設歸屬到大樓弱電工程的一個分支專業。這些問題的存在導致無法抓住機房建設的重點，而將機房建設引人誤區。機房工程是多專業、多學科、技術含量高的綜合工程，在智能建筑工程中處于核心的位置。因此，必須明確機房工程的重要性才能做好機房建設。

(2)機房各系統的均衡問題

　　機房工程是一個系統工程，是由多個系統協同工作來實現的。但有的用戶無限制地抬高某一系統的可靠性，而忽視了機房整體性能的平衡問題，最終導致機房因其他系統的薄弱而出現問題，導致影響機房系統的穩定運行。所以不能過分強調某一系統的可靠性，而無限度地抬高整個機房建設的費用。

(3)機房的通用性問題

　　在機房規劃初期，計算機及其他設備還沒有確定，如果不認真作好用戶需求分析，只根據經驗進行組建，那么所進行的規劃設計往往帶有一定的盲目性，無法針對功能需求、設備數量進行相關設計，容易造成難以彌補的缺憾。這樣通常導致機房建成后不久就要進行機房改造來滿足新增設備的需要。